Hadım edilecek kişinin (genellikle 12-15 yaşlarında erkek çocuğu) göbeğinin hemen alt kısmı ve bacakların baldır kısmı, beyaz bandajlarla sarılır. Sırt üstü yatmış olan çocuğun, üzerinde operasyon yapılacak olan bölgeleri acı biber karıştırılmış su ile üç kez yıkanır,Orak benzeri bir kesici ile hem testisler hemde penis mümkün olduğunca dipten kesilir. Hadım etme işlemi yapıldıktan sonra penis kökündeki kanala gümüş bir iğne veya metal çubuk sokulur.
Daha sonra yara soğuk su içine yatırılmış kağıt ile dikkatlice sarılır
Bandajlama sonrası çocuk, iki adet bıçakçı yardımıyla birkaç saat yürütülür ve daha sonra yatırılır. Çocuk tuvalet ihtiyacını gideremeyeceği için 3 gün boyunca sıvı verilmez. Üç gün sonra bandajlar açılır ve tüp çıkartılır
Çocuk idrarını yaparken kanama olmaz ise sorun kalmamış demektir. Aksi takdirde kanallar şişmiş demektir. Ve çocuk ölür. Yapılan bu işlemlere tutulan her yüz çocuktan ise sadece bir kaç tanesi hayatta kalmayı başarabiliyordu.
Her yıl sarayının, toplumun elit yönetici sınıfının hadım gereksinimlerinin karşılanması için binlerce siyahi Afrikalı ya da beyaz Avrupalı çocuk İstanbul’a getirilerek bu işleme maruz bırakılıyordu. İşte harem ağaları dediğimiz acılı yaşamın başlangıcı böyleydi
Karaağalar, 16. yüzyılın sonunda itibaren sarayda çok güçlendiler. Üçüncü Murad’ın Mekke ve Medine’deki vakıfların idaresini de bu ağalara vermesi üzerine güçleri daha da arttı ve bazı ağalar, bazen Sadrazamın tayininde yahut azlinde bile tek söz sahibi oldular.
Hadımlardan, Osmanlı Tarihi boyunca çok sayıda devlet adamı da çıktı! Meselâ, Atik Ali Paşa, Hadım Sinan Paşa, Hadım Süleyman Paşa, Hadım Hasan Paşa gibi veziriazamlar, yani o zamanın başbakanları, o mevkiye yükselmeyi başarmış beyaz hadım ağalarıydılar
Hilâfetin 1924 Mart’ında ilga edilip hanedan mensuplarının Türkiye sınırları dışına çıkartılmalarından sonra saraylarda yaşayan kimse ve harem de artık mevcut olmadığı için, ağalar da emekli edildiler. Yaşları ilerlemiş olan ağalar ise, Dârülâcezeye yatırıldı.